生化尖兵故事情节

主角Spencer就是当年破坏信天翁计划并救回被敌人俘虏的超级特工Super Joe的英雄，回国后被人们奉为英雄，大家可以在公园场景中看到主角的雕像。
在主角完成任务后不久，FSA政府意识到像主角这样的生化改造的特工可能对国家安全造成威胁，因此推出了所谓的Bionic Purge（生化战士肃清）政策：拆除那些退役军人的生化改造部件。这一政策自然引起许多经过生化改造的军人的不满，因此在发生了一系列的暴动，暗杀，审判，肃清的事件后，很多Bionic战士被关进监狱或判处死刑，剩下的流亡在外的人则成立了对FSA怀有极大敌意的组织：BioReign，生化战士联盟，也就是游戏初期用核弹引爆了城市的恐怖组织。

我们的主角Nathan Spencer并没有参与到这个组织中，当年的信天翁计划中救回的Super Joe陷害了他，给他下达了一个刺杀任务，Spencer因为这个任务却被判了谋杀罪因此被判处死刑关进了监狱。

这里不得不先说一下Super Joe,他在Capcom早期的很多游戏中都出现过，原型是来自当时火得不行的美国动画片： G.I.Joe这个名字，也就是80后都应该熟知的“特种部队”，（原著中G.I.Joe是一项计划的名字，而非单个人物），因此本作开始时得知 Spencer被他陷害入狱的时候还是相当的震惊的，自然，后面的反叛剧情也有相同的效果，因为这个角色基本上就是类似奥特曼那样的典型正义形象。此外，在任务过程中的通讯来看，Joe在肃清政策时候的行为是在极力保护生化战士，忍辱负重的维护生化战士应得的权益。

Spencer对FSA和Joe没有好感，但是Joe却说他知道Spencer当年失踪了的妻子Emily的下落，称如果任务完成就可以告诉他找到妻子的线索，此外Spencer也不认同恐怖组织伤害无辜百姓的行为，因此接下了这个任务开始潜入计划。

在过程中Joe所隶属的组织，TASC（战略安全委员会）的Armstrong将军指出Spencer的任务是回收收藏在已经被bioreign摧毁并占领的城市中的某个Item，而此物的真实信息是连 Joe的职位都不能得知的高度机密----从最后来看，这东西貌似就是一个能量核，可以启动成千上万的秃鹫机器人（也就是游戏中提到的Project Vulture）。很明显bioreign的人也在搜索这个东西，这也是他们本次行动的根本目的。

任务过程中Nathan遇到了同是生化人的前下属Mag：她的改造部位是腿部，由于政府的Bionic Purge政策只能导致她重新坐上轮椅，因此加入了BioReign，此外从Hack的信息得知，Mag应该是一直暗恋着Nathan，并且对可能因为 Nathan的改造事件而离家出走的Emily非常不屑。-----这个角色很可惜，最后死得毫无价值，编剧实在是......(此外, Nathan还遇到了原先隶属于TASC的神秘狙击手-----应该是战场之狼那个游戏里面的Tom)

从Hack的信息得知,Nathan的妻子当年留下了一张纸条后离开,虽然Nathan说那是伪造的,因为语气不正常,但是由于邻居称他们夫妻曾经有过激烈的争吵,警方还是放弃了搜索行动; 此外Nathan在关押期间的录像曾拍下他抚摸着拆除了生化手臂后的插槽,露出某种类似相思病的花痴表情........

最后阶段, Nathan终于得知Joe就是那个利用政府职务之便,暗中成立BioReign的幕后黑手,他的目的其实是利用秃鹰计划用武力夺取政权, 因此他利用了那些被迫害的愤青生化人，同时也一早就计划好要利用Nathan，通过Spencer的任务让那个Armstrong将军暴露了能量核的真实地点。
跟他合作的那个生化人Boss从档案中可以得知，应该是当年信天翁计划中Imperial中的一名干将，印象中FC原作中没有登场，在重制版中登场过,典型的武力至上的脑残军人。
当年的生化人改造计划Joe也是发起人之一, Emily是在他的劝诱之下参与了试验, 用某种方式成为了当时在战场被手榴弹炸掉左臂的Spencer的生化改造的催化剂。游戏这里没有明说，但是从Joe的描述“最像人类的机械其实是用人类造的；生化部件需要和本体有着精神上的强烈牵绊”来看，Emily应该是被他们杀死从而使用她的脑细胞之类的东西成为了这个生化手臂的组成部分。

最终, 愤怒Spencer的撞毁了Joe驾驶的秃鹫, 万念俱灰的从空中坠下.........字幕过后,大家再次听听片头带着点忧郁的钢琴版主题曲, 细细品味一下吧.